Ngày 16-12-2025, Cục Thuế Việt Nam đã ban hành văn bản số 6014/CT-KTr nhằm giải đáp đề nghị của doanh nghiệp dự án (BOT) liên quan đến việc có được loại trừ khỏi quy định về giao dịch liên kết hay không. Đây là vấn đề phát sinh trong quá trình áp dụng chính sách thuế, đặc biệt với các doanh nghiệp có đặc thù vay vốn lớn như BOT.
Trên cơ sở xem xét quy định hiện hành, cơ quan thuế đã đưa ra quan điểm rõ ràng: không có căn cứ pháp lý để loại trừ doanh nghiệp BOT khỏi phạm vi điều chỉnh của quy định về giao dịch liên kết.
Quy định hiện hành về giao dịch liên kết
Để làm rõ kết luận này, cơ quan thuế dẫn chiếu Nghị định 132/2020/NĐ-CP – văn bản nền tảng điều chỉnh toàn bộ các giao dịch giữa các bên có quan hệ liên kết.
Theo quy định, giao dịch liên kết không chỉ giới hạn ở mua bán hàng hóa mà còn bao gồm các hoạt động tài chính như vay – cho vay, bảo lãnh, chuyển giao tài sản và nhiều hình thức giao dịch khác. Đồng thời, tiêu chí xác định quan hệ liên kết cũng được xây dựng dựa trên yếu tố chi phối về vốn, quản lý hoặc tài chính, trong đó có cả trường hợp một bên tham gia cho vay hoặc bảo lãnh vốn vay cho bên còn lại.
Quy định này áp dụng theo bản chất giao dịch và quan hệ liên kết, không phụ thuộc vào loại hình doanh nghiệp. Vì vậy, doanh nghiệp BOT dù có đặc thù riêng vẫn không nằm ngoài phạm vi điều chỉnh.
Quy định về chi phí lãi vay
Vướng mắc chủ yếu của doanh nghiệp BOT xoay quanh việc áp dụng quy định khống chế chi phí lãi vay. Theo Nghị định 132, chi phí lãi vay được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp bị giới hạn ở mức 30% tổng lợi nhuận thuần cộng chi phí lãi vay và khấu hao. Phần vượt mức sẽ không được trừ ngay mà được chuyển sang các năm tiếp theo trong thời hạn tối đa 5 năm.
Đối với các doanh nghiệp BOT, vốn phụ thuộc lớn vào vốn vay nên quy định này có ảnh hưởng đáng kể đến nghĩa vụ thuế. Tuy nhiên, cơ quan thuế khẳng định rằng không có quy định riêng nào cho phép miễn áp dụng giới hạn này đối với doanh nghiệp BOT.
Cập nhật từ Nghị định 20/2025/NĐ-CP
Nghị định này không thay đổi nguyên tắc áp dụng chung, nhưng làm rõ hơn cách xác định quan hệ liên kết, đặc biệt trong các giao dịch vay vốn và bảo lãnh. Đồng thời, quy định cũng bổ sung một số trường hợp không coi là quan hệ liên kết đối với tổ chức tín dụng nếu không tham gia điều hành hay góp vốn vào doanh nghiệp đi vay.
Ngoài ra, Nghị định 20/2025 còn đưa ra cơ chế xử lý chuyển tiếp đối với phần chi phí lãi vay không được trừ trong giai đoạn 2020–2023, áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2024. Tuy nhiên, các điều chỉnh này không làm thay đổi nguyên tắc áp dụng đối với doanh nghiệp BOT.
Từ toàn bộ căn cứ pháp lý nêu trên, Cục Thuế Việt Nam đi đến kết luận nhất quán: doanh nghiệp BOT vẫn thuộc đối tượng áp dụng quy định về giao dịch liên kết, bao gồm cả giới hạn chi phí lãi vay.
Đồng nghĩa với việc các kiến nghị xin loại trừ của doanh nghiệp là không phù hợp với quy định pháp luật hiện hành. Do đó, các cơ quan thuế địa phương cần tiếp tục hướng dẫn và quản lý doanh nghiệp theo đúng khung pháp lý hiện hành.